Elektrik akımı uygulamasıyla ilişkili olası komplikasyonlar arasında perforasyon ve kanama bulunur. Sfinkterotom/Papillotom kalıcı ve/veya ciddi yan etkileri, endoskopik retrograd kolanjiyopankreatografi (ERCP) ve endoskopik biliyer sfinkterotominin en sık görülen komplikasyonlarıyla ilişkilidir; bunlar arasında şunlar yer alır: akut pankreatit, sfinkterotomi sonrası kanama/kanama, safra kökenli sepsis (kolanjit ve kolesistit) ) ve duodenal perforasyon.