Printre posibilele complicații asociate cu puncția endoscopică gastrointestinală a chisturilor sau pseudochisturilor se numără durerea, abcesul, hemoragia/ sângerarea, pancreatita, perforarea, riscul mic de infecție, durerea abdominală, tulburările de coagulare și contraindicațiile legate de utilizarea bisturiului electric, reacția alergică la medicamente, reacția alergică la nichel, hipotensiunea arterială, detresa respiratorie sau stopul respirator, aritmia cardiacă sau stopul cardiac.