Possíveis complicações associadas à aplicação de corrente elétrica incluem perfuração e sangramento. Os efeitos colaterais permanentes e/ou graves do Papilótomo Esfincterótomo estão relacionados às complicações mais frequentes da colangiopancreatografia retrógrada endoscópica (CPRE) e da esfincterotomia biliar endoscópica, que incluem: pancreatite aguda, sangramento/hemorragia pós- esfincterotomia, sepse de origem biliar (colangite e colecistite) e perfuração duodenal.