Mogelijke complicaties zijn: pancreatitis, cholangitis, aspiratie, perforatie, bloeding, infectie, sepsis, allergische reactie op contraststof of medicatie, hypertensie, ademdepressie of ademstilstand, hartritmestoornis of hartstilstand.
Bijkomende complicaties die tijdens de endoscopische ballonextractie kunnen optreden, zijn: lokale ontsteking door inwerking van stenen, druknecrose.