Potenciális szövődmény: hasnyálmirigy-gyulladás, epeútgyulladás, aspiráció, perforáció, vérzés, fertőzés, szepszis, kontrasztanyag-allergia vagy gyógyszeres magas vérnyomás, légzésdepresszió vagy -leállás, szívritmuszavar vagy szívleállás.
További szövődmények, amelyek az endoszkópos ballonos extrakció során jelentkezhetnek: kőütődés okozta helyi gyulladás, valamint nyomás okozta nekrózis.