Kontraindikationerne omfatter, men er ikke begrænset til, dårlig almentilstand såsom åndedrætssvigt, risiko for aspiration, generelle blodkoagulations- og sårhelingsforstyrrelser, asymptomatisk stenose eller gulsot, endoskopisk uigennemtrængelig stenose, akut, ikke-galdepankreatitis og manglende patientsamtykke. Enheden er ikke beregnet til pædiatriske procedurer