Mulige komplikationer: pancreatitis, cholangititis, aspiration, perforation, brokblødning, infektion, sepsis, allergisk reaktion på kontrast eller medicin, hypertension, respirationsdepression eller -stop, hjertearytmi eller -stop.
Yderligere komplikationer, der kan opstå under endoskopisk ballonekstraktion, omfatter: stenpåvirkning, lokal inflammation, tryknekrose.