Mulige komplikationer i forbindelse med den nuværende anvendelse omfatter perforering og blødning. Permanente og/eller alvorlige bivirkninger af sfinkterotom papillotom er relateret til de hyppigste komplikationer ved endoskopisk retrograd kolangiopankreatografi (ERCP) og endoskopisk biliær sfinkterotomi, som omfatter: akut pancreatitis, blødning/hemorrage efter sfinkterotomi, sepsis af biliær oprindelse (cholangitis og cholecystitis) og duodenal perforation.