Všechny obvyklé kontraindikace pro použití jednorázových bioptických kleští platí i pro použití jednorázových bioptických kleští G-Flex. Patří sem:
Související s gastrointestinálním systémem:
Peritonitida, křehkost střevní stěny (např. ulcerózní kolitida, divertikulitida, ulcerózní kolitida, toxické megakolon), fulminantní kolitida, ileus, nepřipravené střevo, nedávná gastrointestinální anastomóza, akutní břicho.
Obecné kontraindikace:
Pacient nalačno, těžká respirační insuficience, akutní perforace traktů, sepse, těhotenství.
U pacientů užívajících antikoagulancia nebo antiagregancia by navíc endoskopista a kardiolog měli provést analýzu poměru rizika a přínosu.