Mezi kontraindikace patří mimo jiné špatný celkový stav, jako je respirační selhání, riziko aspirace, celkové poruchy srážlivosti krve a hojení ran, asymptomatická stenóza nebo žloutenka, endoskopicky neprůchodná stenóza, akutní nebiliární pankreatitida, chybějící souhlas pacienta. Zařízení není určeno pro pediatrické zákroky.