Mulige komplikationer i forbindelse med gastrointestinal endoskopisk punktering af cyster eller pseudocyster omfatter smerte, absces, blødning, pancreatitis, perforering, lille risiko for infektion, mavesmerter, koagulationsforstyrrelser og kontraindikationer i forbindelse med brug af elektrisk skalpel, allergisk reaktion på medicin, allergisk reaktion på nikkel, hypotension, respirationsdepression eller -stop, hjertearytmi eller -stop.