Mezi možné komplikace spojené s gastrointestinální endoskopickou punkcí cyst nebo pseudocyst patří bolest, absces, krvácení/krvácení, pankreatitida, perforace, malé riziko infekce, bolesti břicha, poruchy koagulace a kontraindikace související s použitím elektrického skalpelu, alergická reakce na léky, alergická reakce na nikl, hypotenze, respirační deprese nebo zástava, srdeční arytmie nebo zástava.