Az ellenjavallatok közé tartozik – de nem kizárólagosan – a rossz általános állapot, mint például légzési elégtelenség, aspiráció kockázata, általános véralvadási és sebgyógyulási zavarok, tünetmentes sztenózis vagy sárgaság, endoszkóposan áthatolhatatlan sztenózis, akut, nem epeúti hasnyálmirigy-gyulladás, a páciens hozzájárulásának a hiánya. Az eszköz nem javallott gyermekgyógyászati eljárásokhoz