Potentiell komplikation: pankreatit, kolangitit, aspiration, perforering, hjärnblödning, infektion, sepsis, allergisk reaktion mot kontrastmedel eller läkemedel, hypertoni, andningsdepression eller andningsstillestånd, hjärtarytmi eller hjärtstillestånd.
Ytterligare komplikationer som kan uppstå under endoskopisk ballongextraktion inkluderar: lokal stenrelaterad inflammation från avlägsnandet, trycknekros.