Možné komplikace: pankreatitida, cholangitida, aspirace, perforace, krvácení, infekce, sepse, alergická reakce na kontrastní látku nebo léky hypertenze, dechová deprese až zástava, srdeční arytmie nebo zástava.
Mezi další komplikace, které se mohou vyskytnout při endoskopické extrakci balónku, patří: lokální zánět, tlaková nekróza.