Le possibili complicanze associate all’applicazione di corrente elettrica comprendono perforazione e sanguinamento. Gli effetti collaterali permanenti e/o gravi di Sphincterotoma Papillotoma sono legati alle complicanze più frequenti della colangiopancreatografia retrograda endoscopica (ERCP) e della sfinterotomia biliare endoscopica, che comprendono: pancreatite acuta, sanguinamento/ emorragia post-sfinterotomia, sepsi di origine biliare (colangite e colecistite ) e perforazione duodenale.